Minggu, 06 Januari 2013

LAPORAN PRAKTIKUM STUDY LAPANGAN BB BIOGEN BOGOR



 





















                                                   























KATA PENGANTAR

Puji dan syukur yang tak hingga penulis panjatkan kepada Allah SWT yang telah memberi rahmat dan karunianya serta hidayah-Nya sehingga penulis dapat menyelesaikan penyusunan laporan ini.
Laporan praktikum ini disusun berdasarkan study lapangan yang telah dilakukan ke BB BIOGen BOGOR, penyusunan laporan ini bertujuan untuk memenuhi salah satu tugas mata kuliah GENETIKA DASAR, semester III tahun akademik 2009/2010.
Dalam penyusunan lapoaran ini penulis ingin menyampaikan terima kasih kepada semua pihak yang telah membantu terselsaikannya laporan ini.
Demikian laporan ini telah penulis selesaikan, dalam penyusunannya mungkin masih banyak kekurangannya, untuk itu penulis mohon saran dan kritik dari para pembaca sebagai evaluasi bagi penyusunan laporan yang akan datang.




              Bandung, Desember 2009

                 Penulis













DAFTAR ISI

Kata Pengantar ..................................................................................................................... i
Daftar Isi ............................................................................................................................... ii
BAB I  PENDAHULUAN................................................................................................... 1
BAB II RUANG LINGKUP KEGIATAN BB BIOGEN.................................................. 3
BAB III LABORATORIUM YANG TERDAPAT PADA BB BIOGEN......................... 4
3.1 Jenis Laboratorium, fungsi, dan Kegiatan.............................................................. 4
3.2 Hasil-Hasil Laboratorium....................................................................................... 9
BAB IV PEMBAHASAN.................................................................................................... 11
BAB V KESIMPULAN DAN SARAN.............................................................................. 12
DAFTAR PUSTAKA........................................................................................................... 13


















BAB I
PENDAHULUAN

BB BIOGEN BOGOR merupakan salah satu lembaga di bawah badan Litbang Pertanian yang berfungsi melakukan penelitian biologi dan sumber genetika pertanian BB BIOGEN BOGOR mempunyai sejarah berupa beberapa pergantian nama diantaranya pada  tahun 1918  - 1949 : Algemeen Proefstation voor den Landbouw (Balai Besar Penyelidikan Pertanian) , tahun 1949 - 1952 :  Jawatan Penyelidikan Pertanian, tahun 1952 - 1966 : Algemeen Proefstation voor den Landbouw (Balai Besar Penyelidikan Pertanian / General Agriculture Experiment Station), tahun 1966 - 1980 : Lembaga Pusat Penelitian Pertanian, tahun 1980 - 1994 : Balai Penelitian Tanaman Bogor (Balittan), tahun 1994 - 2002 : Balai Penelitian Bioteknologi Tanaman Pangan (Balitbio), tahun 2002 - 2003 : Balai Penelitian Bioteknologi dan Sumberdaya Genetik Pertanian (Balitbiogen), tahun 2003 - sekarang : Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumberdaya Genetik Pertanian (BB-Biogen).
            BB BIOGEN BOGOR memiliki visi dan misi. Visi BB-Biogen ialah menjadi pusat unggulan (center of excellence) dalam penelitian dan pengembangan bioteknologi dan sumberdaya genetik pertanian yang mampu mendukung ketahanan pangan yang berkelanjutan dan agribisnis yang berdaya saing tinggi. Program BB-Biogen disusun dan dirumuskan berdasarkan pada permasalahan-permasalahan utama yang dihadapi dimana penyelesaiannya secara konvensional sulit atau tidak mungkin dilakukan.
Dan misinya yaitu untuk mewujudkan hal tersebut secara spesifik misi BB-Biogen adalah: (1). Meningkatkan kuantitas sumberdaya manusia (SDM) berkualitas di bidang biotenologi dan sumberdaya genetik pertanian, (2). mengelola dan memanfaatkan sumberdaya genetik pertanian untuk mendukung penelitian di bidang bioteknologi dan pemuliaan tanaman, (3) mengembangkan suatu program penelitian yang kuat dalam perbaikan sifat genetik tanaman dan mikroba, serta komponen teknologi budidaya pertanian dengan pendekatan bioteknologi sehingga teknologi dan produk BB-Biogen berdaya saing tinggi, (4) berkontribusi pada pengembangan pembangunan nasional pertanian dengan jalan mengembangkan dan mendiseminasikan teknologi yang sesuai untuk meningkatkan daya saing produk pertanian Indonesia di dalam pasar nasional dan global.
BB-Biogen adalah salah satu unit kerja di bawah Badan Penelitian dan Pengembangan Pertanian, Departemen Pertanian RI. Secara struktural, di BB-Biogen terdapat tiga unit kerja masing-masing terdiri dari eselon IVa sebagai Kepala Subbagian dan Kepala Seksi, Eselon IIIb sebagai Kepala Bagian dan Kepala Bidang, dan Eselon IIb sebagai Kepala. Selain jabatan struktural, di BB-Biogen juga terdapat jabatan fungsional yang terdiri dari peneliti, litkayasa, pustakawan, pranata komputer dan statistisi. Di BB-Biogen terdapat empat kelompok peneliti (Kelti) yaitu : Pengelolaan Sumberdaya Genetik (PSDG), Biologi Molekuler (BM), Biologi Sel dan jaringan (BSJ), Biokimia. Dalam upaya membantu pelaksanaan tugas pokok dan fungsi Kepala Balai, maka di BB-Biogen terdapat beberapa sistem koordinasi dan kepanitiaan, yang antara lain adalah : Koordinasi Penelitian, Panitia Evaluasi Karya Ilmiah (PEKI), Panitia Evaluasi Teknisi Litkayasa.






















BAB II
RUANG LINGKUP KEGIATAN BB BIOGEN

Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumberdaya Genetik Pertanian (BB-Biogen) adalah unit pelaksana teknis di bidang penelitian dan pengembangan yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Kepala Badan Penelitian dan Pengembangan Pertanian. BB-Biogen ini terbentuk berdasarkan SK Mentan No. 631/Kpts/OT.140/12/2003, yang secara efektif sejak Januari 2002. Balitbiogen mempunyai tugas dan madat untuk melaksanakan kegiatan penelitian bioteknologi dan sumberdaya genetik pertanian.
  1. Penyusunan program dan evaluasi penelitian dan pengembangan bioteknologi dan sumberdaya genetik pertanian;
  2. Pelaksanaan penelitian konservasi dan karakterisasi yang meliputi fisik, kimia, biokimia, metabolisme biologis dan biomolekuler sumberdaya genetik pertanian;
  3. Pelaksanaan penelitian bioteknologi sel, bioteknologi jaringan, rekayasa genetik, dan bioprospeksi sumberdaya genetik ;
  4. Pelaksanaan penelitian keamanan hayati dan keamanan pangan produk bioteknologi;
  5. Pelaksanaan pengembangan sistem informasi hasil penelitian  dan pengembangan bioteknologi dan sumberdaya genetik pertanian;
  6. Pelaksanaan pengembangan  komponen teknologi sistem dan usaha agribisnis produk bioteknologi pertanian;
  7. Pelaksanaan kerjasama dan pendayagunaan hasil penelitian bioteknologi dan sumberdaya genetik pertanian;
  8. Pengelolaan tata usaha dan rumah tangga BB-Biogen.








BAB III
LABORATORIUM YANG TERDAPAT PADA BB BIOGEN

Laboratorium BB-Biogen mempunyai tugas melakukan koordinasi dan pembinaan kepada laboratorium lingkup BB-Biogen untuk mendukung pelaksanaan tugas pokok dan fungsi BB-Biogen. Dalam melakukan tugas tersebut, Laboratorium BB-Biogen mempunyai fungsi sebagai berikut:
  1. Melakukan koordinasi dan pembinaan laboratorium lingkup BB-Biogen untuk secara bertahap menerapkan sistem mutu sesuai SNI/ISO.
  2. Melakukan pelayanan uji sesuai dengan ruang lingkup lab akreditasi.
  3. Memelihara sistim mutu laboratorium dan meningkatkan ruang lingkup uji lab akreditasi BB-Biogen.
  4. Melakukan penelitian dan pengembangan metoda analisis dan sistim mutu laboratorium.
  5. Memberikan pelatihan dan konsultasi teknik analisis dan sistim mutu laboratorium.
3.1  Jenis Laboratorium, Fungsi, dan Kegiatan
a.    Fasilitas Bank Gen
Laboratorium Bank Gen dan Genetika Tanaman, berlokasi di BB-Biogen Bogor. Di tempat inilah kegiatan koleksi dan konservasi plasma nutfah tanaman pangan (padi, jagung, sorgum, kedelai dan kacang-kacangan) dilakukan. Plasma nutfah tanaman pangan disimpan dalam bentuk benih pada kondisi penyimpanan jangka pendek (untuk koleksi aktif / working collection), jangka menengah dan jangka panjang (sebagai koleksi duplikat). 
Beberapa fasilitas yang dimiliki bank gen Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumberdaya Genetik Pertanian - Bogor untuk konservasi plasma nutfah tanaman pangan meliputi:
  • Laboratorium Bank Gen dan Genetika Tanaman, memiliki 6 buah deep freezer (temperatur –18oC), 3 buah chiller (temperatur 0-5oC) dan ruangan penyimpanan benih (temperatur 15-20oC dan kelembaban 50%) untuk penyimpanan benih padi, jagung, kedelai, sorgum dan kacang-kacangan.
  • Field gene bank untuk konservasi lapang plasma nutfah ubikayu, ubijalar dan ubi -ubian minor.
  • Laboratorium Kultur In Vitro, yang dilengkapi perangkat penunjang untuk konservasi plasma nutfah tanaman pangan secara in vitro dan kriopreservasi.
  • Ruang komputer, untuk kegiatan pengembangan database plasma nutfah tanaman pangan.
b.   Laboratorium Biologi Molekuler
Laboratorium Biologi Molekuler mempunyai tugas melakukan kegiatan penelitian untuk mendukung pelaksanaan tugas pokok dan fungsi kelti Biologi Molekuler. Dalam melakukan tugas tersebut, Laboratorium Biologi Molekuler mempunyai fungsi sebagai berikut:
1.      Melakukan analisis genotipe secara molekuler
  1. Melakukan identifikasi, isolasi, kloning, dan karakterisasi gen
  2. Melakukan konstruksi, transformasi dan studi ekspresi gen
  3. Melakukan studi functional genomics
  4. Melakukan deteksi produk rekayasa genetik secara molekuler
  5. Memberikan pelatihan dan konsultasi teknik marka molekuler dan transformasi genetic
Peralatan yang tersedia di Laboratorium Biologi Molekuler meliputi:
  • Freezer Tropicalized Sansio
  • Electrophoresis unit
  • UV Stratalinker 1800 Stratagene
  • Timbangan Kern 770
  • Timbangan GT 410 Ohaus
  • Biosafety cabinet/ laminar flow lab culture Esco class II type A2
  • Incubator
  • Centrifuge 5810 Eppendorf
  • Microfuge 12 Beckman
  • UV illuminator Chemidoc EQ Biorad
  • Spectrofotometer Smartspec Plus Biorad
  • Electroporator micropulser Biorad
  • Programmable thermal controller MJ Research DNA engine (single: PTC-100 dan tetrad: PTC-225)
  • Vertical Gel Electrophoresis
  • ALF express II dan Repro set, Amersham Pharmacia Biotech
c.    Laboratorium Biologi Sel dan Jaringan
Laboratorium Biologi Sel dan Jaringan mempunyai tugas melakukan kegiatan penelitian untuk mendukung pelaksanaan tugas pokok dan fungsi kelti Biologi Sel dan Jaringan. Dalam melakukan tugas tersebut, Laboratorium Biologi Sel dan Jaringan mempunyai fungsi sebagai berikut:
  1. Melakukan pengembangan metode regenerasi tanaman secara in vitro.
  2. Melakukan perbaikan genetik tanaman melalui fusi protoplas, fertilisasi in vitro, kultur haploid/mikrospora, seleksi in vitro, keragaman somaklonal, dan penyelamatan embrio.
  3. Melakukan pencarian metode  konservasi plasma nutfah tanaman melalui teknik kultur in vitro.
  4. Melakukan pengembangan teknik kultur in vitro untuk produksi metabolit sekunder.
  5. Memberikan pelatihan, pelayanan dan konsultasi teknik kultur in vitro.
Peralatan yang tersedia di Laboratorium Biologi Sel dan Jaringan meliputi:
  • Laminar air flow (import)
  • Laminar air flow (lokal)
  • Autoclave
  • Oven
  • pH meter
  • Inverted microscope
  • Stereo microskope with digital camera
  • Timbangan analit (4 digit)
  • Timbangan analit (3 digit)
  • Distiling unit
  • Orbital shaker
  • Hot plate magnetic stirrer
  • Growth chamber
  • Rak kultur
  • Sentrifuse
d.   Laboratorium Mikrobiologi
Laboratorium Mikrobiologi mempunyai tugas melakukan kegiatan penelitian untuk mendukung pelaksanaan tugas pokok dan fungsi BB-Biogen khususnya di bidang mikrobiologi. Dalam melakukan tugas tersebut, Laboratorium Mikrobiologi mempunyai fungsi sebagai berikut:
  1. Melakukan analisis mikrobiologis produk pertanian.
  2. Melakukan pengembangan metode analisis dibidang mikrobiologi.
  3. Melakukan kajian metabolisme mikroba pertanian.
  4. Memberikan pelatihan, pelayanan dan konsultasi tentang mikrobiologi pertanian.
e.    Laboratorium Terpadu
Laboratorium Terpadu mempunyai tugas melakukan kegiatan penelitian yang berkaitan dengan penggunaan Microarray, automatic genetic analyzer dan RT-PCR untuk mendukung pelaksanaan tugas pokok dan fungsi BB-Biogen. Dalam melakukan tugas tersebut, Laboratorium Terpadu mempunyai fungsi sebagai berikut:
  1. Melakukan identifikasi gen menggunakan microarray.
  2. Melakukan sekuensing dan genotyping menggunakan pelabelan fluorescens.
  3. Melakukan deteksi produk rekayasa genetik  menggunakan RT-PCR.
  4. Melakukan kuantifikasi ekspresi gen menggunakan RT-PCR.
  5. Memberikan pelayanan, konsultasi dan pelatihan penggunaan automatic genetic analyzer, RT-PCR,  dan microarray.
f.     Fasilitas Uji Terbatas (FUT)
Fasilitas Uji Terbatas mempunyai tugas melakukan kegiatan penelitian untuk mendukung pelaksanaan tugas pokok dan fungsi BB-Biogen khususnya pengujian keamanan hayati tanaman hasil rekayasa genetik, baik untuk penelitian maupun komersialisasi di Indonesia. Dalam melakukan tugas tersebut, Fasilitas Uji Terbatas mempunyai fungsi sebagai berikut:
  1. Melakukan uji weediness / invasiveness tanaman hasil rekayasa genetik
  2. Melakukan uji dampak tanaman hasil rekayasa genetik terhadap organisme non target.
  3. Melakukan uji efikasi gen interes tanaman hasil rekayasa genetik.
  4. Melakukan persilangan tanaman hasil rekayasa genetik.
  5. Memberikan pelayanan, pelatihan dan konsultasi pengujian keamanan hayati tanaman hasil rekayasa genetik.
Peralatan yang tersedia di Fasilitas Uji Terbatas meliputi:
    • Growth Chamber: Forma Scientific
    • Rumah Kaca double door
    • Ruang bioasai serangga
    • Gene Gun PDS-1000/He Biorad
    • Ruang persiapan tanah
    • Gudang perbekalan
    • Oven Memmert Model 400
    • Emergency Shower merk Haws
    • Laminar air flow : Esco model EBH
    • Autostill merk GFL 2004
    • Top Balance AND SK-1000
    • Top Balance HL-400
    • Analytical Balance AA-250
g.    Laboratorium Bioinformatika
Laboratorium Bioinformatika mempunyai tugas melakukan kegiatan untuk mendukung pelaksanaan tugas pokok dan fungsi BB-Biogen khususnya di bidang bioinformatika dalam melakukan tugas tersebut, Laboratorium Bioinformatika mempunyai fungsi sebagai berikut:
  1. Melakukan penelusuran pustaka genom, membandingkan sekuen, menganalisis struktur protein dengan menggunakan komputer.
  2. Melakukan kuantifikasi karakter biometrik melalui analisis citra (image analysis).
  3. Menyediakan dan mengelola data-base informasi biologi.
  4. Melakukan kegiatan pelayanan konsultasi, analisis data dan pelatihan bioinformatika.
Peralatan yang tersedia di Laboratorium Bioinformatika meliputi:
    • UV/Visible- Spektrofotometer
    • Atomic Absoprtion Spectrophotometer
    • GC-dengan berbagai detector
    • HPLC/dengan berbagai detector
    • Trace Analyzer/Polarography
    • Destilasi- Kyeldahl
    • pH-meter
    • Konductivity-meter
    • Turbidimeter
    • Analytical Balance
    • Top Pan Balance
    • Oven
    • Mesin Giling tanaman
    • Autostill (Destilati air otomatik)
    • Mikroskop Elektron
    • Elektrophoresis
h.   Laboratorium Kimia/ Biokimia
Laboratorium Biokimia terdiri dari:
1.      Deteksi virus patogen.
  1. Deteksi bakteri patogen.
  2. Deteksi senyawa toksin.
3.2  Hasil-Hasil Laboratorium
  1. Varietas Code dan Angke tahan terhadap penyakit hawar daun bakteri yang dikembangkan melalui pemanfaatan marka molekular.
  2. Tanaman putatif transgenik (T4) padi T-309 tahan terhadap penggerek batang padi.
  3. Tanaman terong hasil fusi protoplas dan silang balik yang tahan penyakit layu R. Solanacearum dan F. oxysporium.
  4. Beberapa nomor harapan tanaman padi hasil seleksi in-vitro yang lebih tahan terhadap lahan masam
  5. Klon-klon panili dan pisang abaka tahan Fusarium oxysporum hasil seleksi in vitro dan irradiasi sinar gamma
  6. Klon-klon nilam hasil fusi protoplas yang mempunyai kadar minyak atsiri tinggi dan tahan terhadap nematoda
  7. Galur padi dan kedelai toleran terhadap keracunan alumunium (Al)
  8. Galur-galur harapan (F7) tanaman kedelai yang toleran terhadap tanah masam
  9. Koleksi 1.506 aksesi ubijalar, 580 aksesi ubikayu, 176 aksesi talas, 64 aksesi ubi kelapa, 33 aksesi gembili, 48 aksesi ganyong, 13 aksesi suweg, 16 aksesi gadung dan 17 aksesi garut telah dikoleksi sampai tahun 2000. Saat ini beberapa aksesi telah disimpan melalui teknik kultur jaringan.
  10. Teknologi pembuatan galur murni padi dengan cepat melalui kultur anter
  11. Teknologi perbanyakan bibit tanaman buah-buahan (manggis) dan tanaman hias (dieffenbachia, mawar, melati, anggrek Dendrobium)
  12. Teknologi fusi protoplas dan hibridisasi silang balik untuk memindahkan sifat tahan terhadap penyakit bakteri layu dari terong liar ke terong budidaya
  13. Teknologi produksi eugenol secara in vitro
  14. Teknologi deteksi dini patogen tanaman melalui perangkat ELISA
  15. Formulasi insektisida hayati berbahan aktif Nematoda Patogen Serangga (NPS) dan atau Nuclear Polyhydrosis Virus (NPV)
  16. Rhizoplus dan BioLestari untuk meningkatkan kemampuan akar kedelai menambat nitrogen (N) dari udara, sekaligus meningkatkan serapan fosfor (P) dari tanah.
  17. Strain Bacillus thuringiensis yang positif mengandung gen CryIA dan mempunyai toksisitas tinggi terhadap hama tanaman.
  18. Database plasma nutfah tanaman pangan.
  19. Sumber-sumber gen penting untuk toleransi terhadap cekaman abiotik, biotik serta mutu gizi.
  20. Koleksi plasma nutfah tanaman pangan dan mikroba
21.  Kandidat markah untuk toleransi terhadap keracunan aluminium pada padi.







BAB IV
PEMBAHASAN

            BB BIOGEN BOGOR sebagai salah satu pusat pengemabangan pertanian sangat memiliki peranan yang sangat penting bagi kemajuan dunia pertanian teutama tentang genetika. Dilihat dari berbagai laboratorium yang dimilikinya BB BIOGEN telah mampu menghasilkan berbagai penemuan-penemuan baru di bidang pertanian, semua fasilitas yang dimilikinya sangat berpengaruh terhadap hasil penemuannya. Salah satu fasilitas yang paling menarik adalah kultur jaringannya.
            Kultur jaringan adalah yang paling dkenal di bidang pertanian telah mampu dikembangkan BB BIOGEN dengan fasilitas yang lebih lengkap dan mampu dikomunikasikan kepada petani secara baik pula. Salah satunya yaitu dengan banyaknya hasil kultur jaringan yang banyak diminati petani.
            Tetapi satu yang kurang dari laboratorium ini adalah kurangnya para petugas peneliti, misalnya di tempat kultur jaringan yang kami kunjungi petugas berkata bahwa banyak para petugas yang menelantarkan penelitiannya karena banyaknya yang harus diteliti.
     Diantaranya di Laboratorium Kultur Jaringan yang dilakukan dan dihasilkan adalah:
1. Perbanyakan Tanaman Tanaman Secara In Vitro (atas pesanan/formula belum diketahui):
  1. Tanaman Semusim (Herbaceous).
  2. Tanaman Tahunan Berkayu.
  3. Perkecambahan Anggrek.
2. Perbanyakan tanaman secara in vitro (formula tersedia):
Tanaman starter Hasil Kultur Jaringan:
  1. Pisang Tanduk
  2. Pisang Raja Bulu
  3. Pisang Kepok Kuning
  4. Pisang Ambon Kuning
  5. Pisang Cavendish
  6. Pisang Barangan
  7. Pisang Raja Serai
  8. Jati Emas/Genjah
  9. Anggrek Phalaenopsis
  10. Anggrek Dendrobium
  11. Nenas var. Simadu
  12. Nilam var. Tapak Tuan


BAB V
KESIMPULAN DAN SARAN

            BB BIOGEN BOGOR merupakan salah satu yang berpengaruh dalam kemajuan pertanian Indonesia.
            Dalam pelaksanaannya BB BIOGEN perlu menambah petugas lagi yang lebih berkomitmen untuk melakukan penelitiannya.








































DAFTAR PUSTAKA

http//:biogen.litbang.deptan.go.id/psdg/psdg_program.php
http//:biogen.litbang.deptan.go.id/psdg/psdg_koleksi.php
           

1 komentar: